CASP



Všechny poznatky, které lidé za staletí nashromáždili o CASP, jsou nyní k dispozici na internetu a my jsme je pro vás shromáždili a uspořádali co nejpřístupnějším způsobem. Chceme, abyste měli rychlý a efektivní přístup ke všem informacím o CASP, které chcete vědět, aby vaše zkušenost byla příjemná a abyste měli pocit, že jste skutečně našli informace o CASP, které jste hledali.

Pro dosažení našich cílů jsme se snažili nejen získat co nejaktuálnější, nejsrozumitelnější a nejpravdivější informace o CASP, ale dbali jsme také na to, aby design, čitelnost, rychlost načítání a použitelnost stránky byly co nejpříjemnější, abyste se mohli soustředit na to podstatné, znát všechny dostupné údaje a informace o CASP, aniž byste se museli starat o cokoli dalšího, o to jsme se již postarali za vás. Doufáme, že jsme dosáhli svého cíle a že jste našli informace, které jste chtěli o CASP. Proto vás vítáme a vyzýváme, abyste si i nadále užívali používání scientiacs.com.

Critical Assessment of protein Structure Prediction ( CASP ) je celosvtový experiment pro predikci proteinové struktury, který se koná kadé dva roky od roku 1994. CASP poskytuje výzkumným skupinám píleitost objektivn otestovat jejich metody predikce struktury a poskytuje nezávislé hodnocení nejmodernjí modelování proteinové struktury pro výzkumnou komunitu a uivatele softwaru. Pestoe je primárním cílem CASP pomoci zdokonalit metody identifikace trojrozmrné struktury bílkovin z jejich sekvence aminokyselin, mnozí povaují experiment spíe za mistrovství svta v této oblasti vdy. CASP se pravideln úastní více ne 100 výzkumných skupin z celého svta a není neobvyklé, e celé skupiny pozastaví svj dalí výzkum na msíce, zatímco se soustedí na pípravu svých server na experiment a na provádní podrobných pedpovdí.

Výbr cílových protein

Aby bylo zajitno, e ádný prediktor neme mít pedchozí informace o struktue proteinu, které by mu poskytly výhodu, je dleité, aby byl experiment provádn dvojit zaslepeným zpsobem: ani prediktory, ani organizátoi a hodnotitelé neznají struktury cílových protein v dob, kdy se dlají pedpovdi. Cíle pro predikci struktury jsou bu struktury, které budou brzy vyeeny rentgenovou krystalografií nebo NMR spektroskopií, nebo struktury, které byly práv vyeeny (hlavn jedním z center strukturní genomiky ) a jsou zadrovány proteinovou datovou bankou . Pokud je shledáno, e daná sekvence je píbuzná spoleným pvodem s proteinovou sekvencí známé struktury (nazývané templát), lze k pedpovdi terciární struktury pouít srovnávací proteinové modelování . ablony lze nalézt pomocí metod zarovnání sekvence (nap. BLAST nebo HHsearch ) nebo metodami proteinových vláken , které jsou lepí pi hledání vzdálen souvisejících ablon. V opaném pípad musí být pouita predikce struktury proteinu de novo (nap. Rosetta), která je mnohem mén spolehlivá, ale nkdy me poskytnout modely se správným sloením (obvykle pro proteiny mén ne 100-150 aminokyselin). Skuten nové záhyby jsou mezi cíli pomrn vzácné, take je tato kategorie mení, ne je ádoucí.

Vyhodnocení

Primární metodou hodnocení je srovnání predikovaného modelu a-uhlíkových poloh s tmi v cílové struktue. Porovnání je zobrazeno vizuáln kumulativními grafy vzdáleností mezi páry ekvivalent -uhlíku v zarovnání modelu a struktury, jak je znázornno na obrázku (dokonalý model by zstal napí celou nulou) a je piazen numerické skóre GDT-TS (Global Distance Test Total Score) popisující procento dobe modelovaných zbytk v modelu vzhledem k cíli. Bezplatné modelování (bez ablon nebo de novo ) hodnotitelé hodnotí také vizuáln, protoe numerické skóre nefunguje ani pi hledání volných podobností v nejtích pípadech. Pedpovdi zaloené na vysoce pesných ablonách byly v CASP7 hodnoceny podle toho, zda fungovaly pro fázování molekulární náhrady struktury cílových krystal s pozdjími úspchy, a podle kvality modelu plného modelu (nejen -uhlíku ) a shody celého modelu k cíli v CASP8.

Vyhodnocení výsledk se provádí v následujících predikních kategoriích:

Kategorie predikce terciární struktury byla dále rozdlena na:

  • modelování homologie
  • násobné rozpoznávání (také nazývané proteinové vlákno ; Vimnte si toho, e je to nesprávné, protoe navlékání je metoda)
  • predikce struktury de novo , nyní oznaovaná jako New Fold, protoe mnoho metod pouívá hodnocení nebo bodování funkcí, které jsou ovlivnny znalostí nativních proteinových struktur, jako je umlá neuronová sí.

Poínaje CASP7 byly kategorie pedefinovány tak, aby odráely vývoj metod. Kategorie 'Modelování zaloené na ablon' zahrnuje vechny dívjí srovnávací modelování, homologní skládané modely a nkteré analogické skládané modely. Kategorie 'templátové modelování (FM)' zahrnuje modely protein s díve neviditelnými záhyby a modely zaloené na tvrdých analogických záhybech. Vzhledem k omezenému potu cíl bez ablon (jsou pomrn vzácné) byl v roce 2011 zaveden takzvaný CASP ROLL. Tento kontinuální (postupný) experiment CASP je zamen na písnjí hodnocení metod predikce bez ablon prostednictvím posouzení vtího potu cíl mimo pravidelnou predikní sezónu CASP. Na rozdíl od LiveBench a EVA se tento experiment nese v duchu CASP, tj. Slepé predikce, tj. Vechny pedpovdi jsou provádny na dosud neznámých strukturách.

Výsledky CASP jsou publikovány ve zvlátních doplkových íslech vdeckého asopisu Proteiny , které jsou vechny dostupné na webových stránkách CASP. Hlavní lánek v kadém z tchto dodatk popisuje specifika experimentu, zatímco závrený lánek hodnotí pokrok v této oblasti.

V prosinci 2018 se CASP13 dostal na titulky, kdy jej vyhrál AlphaFold , program umlé inteligence vytvoený spoleností DeepMind . V listopadu 2020 CASP14 vyhrál vylepená verze 2 AlphaFold. Podle jednoho ze spoluzakladatel CASP Johna Moulta zaznamenal AlphaFold kolem 90 bod na 100bodové stupnici pesnosti predikce u stedn obtíných proteinových cíl.

Viz také

Reference

externí odkazy

Poadí výsledk

Automatizované hodnocení pro CASP13 (2018)

Automatizované hodnocení pro CASP12 (2016)

Automatizované hodnocení pro CASP11 (2014)

Automatizované hodnocení pro CASP10 (2012)

Automatizované hodnocení pro CASP9 (2010)

Automatizované hodnocení pro CASP8 (2008)

Automatizované hodnocení pro CASP7 (2006)

Opiniones de nuestros usuarios

Alena Müller

Informace poskytnuté o proměnné CASP jsou pravdivé a velmi užitečné. Dobrý.

Rudolf Mareš

Někdy, když na internetu hledáte informace o něčem, najdete příliš dlouhé články, které trvají na tom, abyste mluvili o věcech, které vás nezajímají. Tento článek o CASP se mi líbil, protože jde k věci a mluví přesně o tom, co chci, aniž bych se ztrácel v neužitečných informacích.

Radmila Benda

Potěšilo mě, že jsem našel tento článek o CASP.

Alois Tichý

Jazyk vypadá staře, ale informace jsou spolehlivé a obecně vše, co je o proměnné CASP napsáno, dává hodně důvěry.